Actualicé mi flamante mediacenter a la última versión de Ubuntu y me encuentro que el 5.1 había volado, tras mucho googlear y esperar al fin di con la solución.

La nueva versión de Ubuntu trae Pulseaudio que es como una infraestructura de sonido que quiere controlarlo todo independientemente del escritorio y aplicación, estando alsa como driver y pulseaudio como control final.

Para sonido 5.1 los canales son 6, para el 7.1 son 8.

necrolord@pelibukas:~$ sudo /etc/pulse/daemon.conf

En la línea donde aparece esto:

; default-sample-channels = 2

se sustituye por esto (por ej. para 5.1).

default-sample-channels = 6

Tras esto un:

sudo /etc/init.d/pulse restart

Hay que configurar dentro del reproductor correspondiente la fuente de sonido en Pulseaudio y ya está, otra vez habilitado el surround.